В ГБУ «ОГАСПИ» действуют дирекция, научный совет, экспертная комиссия, комиссия по рассекречиванию архивных документов КПСС, ВЛКСМ и других архивных документов, комиссия по выявлению особо ценных документов ГБУ «ОГАСПИ»:
Дирекция – совещательный орган, который рассматривает важнейшие вопросы организации деятельности бюджетного учреждения, соблюдения плановой, трудовой и исполнительной дисциплины, выполнения планов и программ, заслушивает отчеты структурных подразделений;
Научный совет – совещательный орган, который рассматривает и координирует основные вопросы научной, научно-организационной и публикационной деятельности бюджетного учреждения, укрепляет и развивает творческие контакты с научной общественностью;
Экспертная комиссия – организует и проводит методическую и практическую работу по экспертизе ценности документов, отбору и подготовке к передаче на хранение документов Архивного фонда Российской Федерации и других архивных документов;
Комиссия по рассекречиванию архивных документов КПСС, ВЛКСМ и других архивных документов – совещательный орган для проведения работы по выявлению и снятию грифов секретности с документов, хранящихся в фондах органов и организаций КПСС и ВЛКСМ Оренбургской области, в других фондах бюджетного учреждения.
Комиссия по выявлению особо ценных документов ГБУ «ОГАСПИ» – совещательный орган, который осуществляет комплекс работ по выявлению особо ценных документов.